เนื้อหาของอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ มีทั้งหมด 42 มาตรา ครอบคลุมประเด็นทรัพยากรพันธุกรรม ชนิดพันธุ์ และระบบนิเวศ หลักการแบ่งปัน
ผลประโยชน์ที่เกิดจากการใช้ทรัพยากรพันธุกรรมอย่างยุติธรรมและเท่าเทียม เทคโนโลยีชีวภาพ การพัฒนาและถ่ายทอดเทคโนโลยี ความปลอดภัยทางชีวภาพ
ข้อกำหนดเกี่ยวกับกลไกการเงิน กฎและแนวทางปฏิบัติสำหรับอนุสัญญาฯ และข้อตกลงทางสถาบันที่เกี่ยวข้อง สรุปสาระสำคัญได้ดังนี้
อารัมภบท (Preamble)
อนุสัญญาประกอบด้วยหลักการสำคัญหลายประการ โดยระบุว่า “การอนุรักษ์ความหลากหลายทางชีวภาพนั้นเป็นภารกิจร่วมกันของมนุษยชาติ แต่ประเทศต่าง ๆ ย่อมมีสิทธิอธิปไตยเหนือทรัพยากรชีวภาพในเขตแดนของตน และมีหน้าที่รับผิดชอบในการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์จากความหลากหลายทางชีวภาพอย่างยั่งยืน เพื่อประโยชน์แก่คนในรุ่นปัจจุบันและอนาคตโดยคำนึงถึงบทบาทของสตรีและคุณค่าภายใน (intrinsic value) ของความหลากหลายทางชีวภาพ”
วัตถุประสงค์ (Objectives) (มาตรา 1)
อนุสัญญามีวัตถุประสงค์ 3 ประการ ได้แก่
1) การอนุรักษ์ความหลากหลายทางชีวภาพ
2) การใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพอย่างยั่งยืน
3) การแบ่งปันผลประโยชน์จากการใช้ทรัพยากรพันธุกรรมอย่างเท่าเทียมและยุติธรรม
การใช้ศัพท์ (Use of terms) (มาตรา 2)
มีการให้นิยามแก่คำศัพท์ที่สำคัญ เช่น ระบบนิเวศ (ecosystem) ทรัพยากรชีวภาพ (biological resources) เทคโนโลยีชีวภาพ (Biotechnology) การอนุรักษ์นอกถิ่น
ที่อยู่อาศัย (ex-situ conservation) เป็นต้น
ข้อกำหนดทั่วไปและขอบเขต (Principle) (มาตรา 3-5)
เป็นการยืนยันอำนาจอธิปไตยของประเทศใด ๆ ทีจะใช้ทรัพยากรของตนให้สอดคล้องกับนโยบายสิ่งแวดล้อมของประเทศนั้นและกำหนดขอบเขตการดำเนินงาน
พันธกรณี (Commitments) (มาตรา 6-20)
วัตถุประสงค์หลักทั้งสามข้อของอนุสัญญา ได้แปลงไปสู่พันธกรณีในมาตรา 6-20 ประกอบด้วยพันธกรณีด้านต่าง ๆ ดังนี้
- มาตรการทั่วไปสำหรับการอนุรักษ์
- และการใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน
- การกำหนดประเด็นและติดตามผล
- การอนุรักษ์ในถิ่นที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติ
- การอนุรักษ์นอกถิ่นที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติ
- การใช้ประโยชน์จากความหลากหลายทางชีวภาพอย่างยั่งยืน
- มาตรการจูงใจ
- การวิจัยและฝึกอบรม
- การให้การศึกษาและสร้างจิตสำนึก
- การประเมินผลกระทบและการลดผลกระทบเสียหาย
- การเข้าถึงทรัพยากรพันธุกรรม
- การเข้าถึงและการถ่ายทอดเทคโนโลยี
- การแลกเปลี่ยนข้อมูลข่าวสาร
- ความร่วมมือทางวิทยาศาสตร์และวิชาการ
- การควบคุมดูแลด้านเทคโนโลยีชีวภาพและจัดสรรผลประโยชน์
- ทรัพยากรทางการเงิน
กลไกของสนธิสัญญา (Mechanism) (มาตรา 27-42)
เกี่ยวข้องกับวิธีปฏิบัติของสนธิสัญญาและพิธีสารภายใต้อนุสัญญาฯ เช่น การไกล่เกลี่ยข้อขัดแย้ง การรับรองพิธีสาร การแก้ไขอนุสัญญา หรือพิธีสาร การมีสิทธิ
ออกเสียง ความเชื่อมโยงระหว่างอนุสัญญากับพิธีสาร การลงนาม การให้สัตยาบันการยอมรับหรือการเห็นชอบ การมีผลบังคับใช้ เป็นต้น
ภาคผนวก
ภาคผนวก I
การจำแนกระบุและการติดตามตรวจสอบ
ภาคผนวก II
ส่วน 1 การตัดสินโดยอนุญาโตตุลาการ
ส่วน 2 การไกล่เกลี่ย