ระบบนิเวศเกษตร (Agricultural Ecosystem) คือ ระบบการผลิตพืช สัตว์ ประมง และป่าไม้ ที่มนุษย์ได้กระทำให้เกิดขึ้นในสภาพแวดล้อมธรรมชาติ เพื่อให้ได้มาซึ่งปัจจัยพื้นฐานในการดำรงชีพ เพื่อการแลกเปลี่ยน และเพื่อการค้าขาย โดยมีองค์ประกอบที่เป็นสิ่งมีชีวิต ได้แก่ มนุษย์ สัตว์ พืช และองค์ประกอบที่เป็นสิ่งไม่มีชีวิต ได้แก่ น้ำ ดิน อากาศ และแสงแดด ซึ่งเป็นสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติรวมไปถึงปัจจัยที่มีผลกระทบทั้งทางตรงและทางอ้อม ได้แก่ เทคโนโลยี เศรษฐกิจ สังคม ประเพณีและการเมือง ซึ่งองค์ประกอบทั้งหมดนั้นจะมีปฏิสัมพันธ์ต่อกันและกันที่ทำให้เกิดเป็นระบบนิเวศเกษตร
ระบบนิเวศเกษตร สามารถจำแนกเป็นระบบย่อยที่สำคัญ 4 ระบบ ได้แก่ ระบบนิเวศการผลิตพืช ระบบนิเวศการผลิตสัตว์ ระบบนิเวศประมง และนิเวศสวนป่า ซึ่งทั้งสี่ระบบย่อยมีความเชื่อมโยงกันของความหลากหลายทางชีวภาพ ทั้งพืช สัตว์ และจุลินทรีย์ พืชที่มีในระบบนิเวศเกษตร ได้แก่ พืชไร่ พืชผัก พืชสวน พืชสมุนไพร และไม้ยืนต้น นอกจากนี้ ยังมีวัชพืชร่วมอีกด้วย จึงทำให้ระบบนิเวศเกษตร มีความหลากหลายทางชีวภาพที่สูง สัตว์ที่มีในระบบนิเวศเกษตร ได้แก่ สัตว์เลี้ยง สัตว์ตามธรรมชาติ แมลง และสัตว์ในดิน สัตว์ที่ใช้ในการควบคุมและกำจัดศัตรูพืช จุลินทรีย์ในดิน เป็นต้น