ทะเลสาบสงขลาเป็นทะเลแบบลากูนหนึ่งเดียวของประเทศไทย ซึ่งลากูน (Lagoon) คือ แหล่งน้ำตื้น พบในบริเวณชายฝั่งทะเลที่แยกจากทะเลโดยการกั้นของเนินทรายซึ่งอาจจะเปิดออกสู่ทะเลเป็นระยะ ๆ ลากูลสามารถเกิดขึ้นได้เมื่อแม่น้ำไหลลงสู่ทะเลโดยที่บางส่วนเป็นแอ่งน้ำขนาดใหญ่ (Estuary lagoon) หรือไม่มีผลจากแม่น้ำก็ได้

ลักษณะพื้นที่

ทะเลสาบสงขลาเป็นทะเลสาบสามน้ำที่ใหญ่ที่สุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ตั้งอยู่ในเขตจังหวัดสงขลา จังหวัดพัทลุง และจังหวัดนครศรีธรรมราช ทะเลสาบสงขลามีสภาพทางนิเวศที่หลากหลาย เนื่องจากเป็นที่ไหลรวมกันของต้นน้ำลำคลองเล็ก ๆ มากมาย และยังมีทางออกสู่ทะเลอ่าวไทย ปริมาณและสภาพน้ำ ในทะเลสาบขึ้นอยู่กับน้ำจืดที่ไหลลงมาและน้ำเค็มจากทะเลหนุนเข้ามา ซึ่งในฤดูน้ำหลากจะมีน้ำจืดไหลลงสู่ทะเลสาบปริมาณมาก จึงพลักดันน้ำเค็มออกสู่ทะเลอ่าวไทย ในช่วงนั้นน้ำในทะเลสาบจะขุ่นและเป็นน้ำจืด
แต่เมื่อถึงช่วงฤดูแล้งปริมาณน้ำจืดที่ไหลลงสู่ทะเลสาบมีน้อย ทำให้น้ำเค็มไหลเข้ามาแทนที่จึงส่งผลให้น้ำในทะเลสาบเป็นน้ำกร่อยทะเลสาบสงขลาสามารถแบ่งออกได้เป็น 4 ตอนใหญ่ ๆ ดังนี้

1. ทะเลน้อย มีพื้นที่ประมาณ 27 ตารางกิโลเมตร ความลึกเฉลี่ย 1.2 เมตร เป็นทะเลสาบน้ำจืด บริเวณนี้มักพบพืชน้ำนานาชนิดและมีพื้นที่ป่าพรุขนาดใหญ่ มีคลองเชื่อมต่อกับทะเลสาบตอนบน คือ คลองนางเรียม คลองบ้านกลาง และคลองยวน
2. ทะเลสาปตอนบน (ทะเลหลวง) อยู่ถัดจากทะเลน้อยลงมา มีพื้นที่ประมาณ 373 ตารางกิโลเมตร ความลึกเฉลี่ย 2 เมตร มีคลองท่าแนะ คลองนาท่อม และคลองท่ามะเดื่อ ระบายลงสู่ทะเลสาบตอนบน ในอดีตเป็นท้องน้ำจืดขนาดใหญ่ แต่พบว่ามีการบุกรุกเข้ามาของน้ำเค็มค่อนข้างสูงในฤดูแล้ง
3. ทะเลสาบตอนกลาง (ทะเลสาบ) อยู่ถัดจากทะเลสาบตอนบน มีพื้นที่ประมาณ 360 ตารางกิโลเมตร ความลึกประมาณ 2 เมตร มีเกาะมากมาย เช่น เกาะสี่ เกาะห้า เกาะนางคำ ทะเลสาบตอนกลางเชื่อมต่อทะเลสาบตอนล่างโดยคลองหลวงและอ่าวท้องแบน มีคลองพรุพ้อ คลองพานไทร และคลองป่าบอน ระบายลงสู่ทะเลสาบตอนกลาง พื้นที่ส่วนนี้เป็นการผสมผสานของน้ำเค็มและน้ำจืด จึงทำให้มีสภาพเป็นทั้งน้ำจืดและน้ำกร่อย ในช่วงที่เป็นน้ำจืดจะมีพืชปกคลุมโดยทั่วไป
4. ทะเลสาบตอนล่าง (ทะเลสาบสงขลา) เป็นส่วนของทะเลสาบส่วนนอกสุดที่เชื่อมต่อกับทะเลอ่าวไทย มีพื้นที่ประมาณ 183 ตารางกิโลเมตร ความลึกประมาณ 1.5 เมตร ยกเว้นช่องแคบที่เชื่อมกับอ่าวไทย ซึ่งใช้ในการเดินเรือ มีความลึกประมาณ 12-14 เมตร มีคลองหลายสายที่ระบายน้ำลงสู่ทะเลสาบตอนล่าง ได้แก่ คลองอู่ตะเภา คลองรัตภูมิ คลองบางโหนด คลองพะวง เป็นต้น ทะเลสาบส่วนนี้เป็นบริเวณที่มีน้ำเค็ม แต่บางส่วนในฤดูฝนน้ำกร่อย และได้รับอิทธิพลจากน้ำขึ้นน้ำลง บริเวณนี้มีการวางเครื่องมือประมงประเภทไซนั่งและโพงพางเกือบทั่วทะเลสาบ

ความหลากหลายของสิ่งมีชีวิต

พืชและสัตว์ที่พบในทะเลสาบสงขลามีทั้งกลุ่มที่อาศัยอยู่ในน้ำเค็มใกล้เคียงกับน้ำทะเล กลุ่มน้ำกร่อยซึ่งสามารถทนความเค็มในช่วงกว้างและกลุ่มน้ำจืด ความหลากหลายทางชีวภาพโดยรวมจึงมีมาก แม้ว่าบางชนิดอาจมีจำนวนน้อย มีทั้งแบบอาศัยอยู่ประจำและแบบอพยพมาจากทะเลเพื่อหาอาหารเป็นครั้งคราว ตามกระแสน้ำขึ้นน้ำลงพัดพาไป เช่น แพลงก์ตอนบางชนิด หรือเข้ามาด้วยตัวเองตามฤดูกาล เช่น ปลา กุ้ง เป็นต้น

สังคมพืช ในลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลามี 217 ชนิด แบ่งได้เป็น

• กลุ่มพืชบก เป็นสังคมพืชบนสันทรายชายฝั่งหรือป่าชายหาด โดยสามารถแบ่งได้เป็น 3 แนว (ตามระยะห่างจากแนวน้ำขึ้น-น้ำลง) ได้แก่ สังคมทุ่งหญ้าหาดทรายชายฝั่งเป็นสังคมพืชที่อยู่ติดกับเขตน้ำขึ้น-น้ำลงบริเวณชายฝั่งที่เป็นหาดทราย ซึ่งเป็นพืชที่ทนความเค็มจากทะเล ไอเกลือ และแสงได้ดี พรรณไม้ที่พบ เช่น ผักบุ้งทะเล สังคมไม้พุ่มหาดทรายชายฝั่งอยู่ถัดจากแนวสังคมทุ่งหญ้าหาดทรายชายฝั่งขึ้นไปบนแนวสันทรายชายฝั่งที่ลาด พรรณไม้ที่พบ เช่น เสม็ดชุน เมา เป็นต้น และสังคมไม้ยืนต้นหาดทรายชายฝั่งอยู่ถัดเข้ามาในแผ่นดินมากที่สุด มีลักษณะผสมผสานระหว่างชนิดพันธุ์ไม้ที่พบได้ทั่วไปในป่าชายหาดและพรรณไม้ที่พบในป่าดิบแล้ง เช่น ยางวาด ยางนา เป็นต้น
• กลุ่มพืชน้ำ แบ่งเป็นสังคมป่าเลนน้ำเค็ม พบบริเวณปากทะเลสาบซึ่งเป็นบริเวณที่ได้รับอิทธิพลจากน้ำขึ้น-น้ำลงทุกวัน พรรณไม้ชายเลนที่พบไม่น้อยกว่า 22 ชนิด ได้แก่ โกงกางใบเล็ก ตะบูนดำ ตาตุ่มทะเล หงอนไก่ทะเล สมอทะเล และลำพู เป็นต้น สังคมป่าบึงน้ำจืด/ป่าน้ำท่วม/ป่าทุ่ง เป็นสังคมพืชที่เป็นเอกลักษณ์สำคัญของเขตที่ราบลุ่มน้ำท่วมถึง เคยพบมากในบริเวณที่ราบลุ่มทั้งสองฝั่งของทะเลสาบสงขลาตอนบนที่น้ำเค็มเข้าไม่ถึง ตัวอย่างพรรณไม้ที่พบ เช่น อินทนิลน้ำ และก้านเหลือง เป็นต้น สังคมพืชน้ำ พบได้ในบริเวณที่เป็นเขตท้องน้ำที่มีน้ำอยู่ตลอดเวลาหรือพบในบางบริเวณเป็นบางฤดูน้ำหลาก สามารถแบ่งตามลักษณะของไม้น้ำตามระดับมวลน้ำ ได้เป็น 3 กลุ่ม คือ พืชที่อยู่ใต้น้ำ พืชที่โผล่พ้นน้ำแต่ขึ้นจากใต้น้ำ และพืชลอยน้ำ เช่น สาหร่ายหางกระรอก พวกสาหร่ายข้าวเหนียวชนิดต่าง ๆ เช่น บัว กระจูด แหนแดง และ จอกหูหนู เป็นต้น สังคมพืชแบบเกาะลอย เป็นลักษณะสังคมพืชที่มีลักษณะเฉพาะ ซึ่งเกิดจากพืชพวกหญ้าที่ขึ้นสานกันแน่นแล้วหลุดลอยออกมาเป็นมวลขนาดใหญ่ดูคล้ายเกาะ ต่อมามีพวกไม้น้ำ ไม้พุ่มหรือไม้ยืนต้นขนาดเล็กอื่น ๆ มาขึ้นสะสม ขึ้นอยู่ด้านบนได้ สังคมพืชแบบเกาะลอยนี้พบได้ทั่วไปในเขตตอนใต้ของทะเลน้อยที่ต่อกับทะเลสาบสงขลาตอนเหนือ และบริเวณใกล้ฝั่งของทะเลสาบสงขลาตอนเหนือและตอนกลาง เช่น พังพวย เทียนน้ำ และหญ้าปู่เจ้าลอยท่า เป็นต้น
• กลุ่มหญ้าทะเล เช่น หญ้าเงาแคระ (Halophila beccarii) หญ้ากุยช่ายทะเล (Halodule uninervis) หญ้าใบมะกรูด (Halophila ovalis) และหญ้ากุยช่ายเข็ม (Halophila pinifolia) เป็นต้น

สังคมสัตว์

สัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง

• กลุ่มแอนเนลิดา เช่น ไส้เดือนทะเล (Heteromastus sp., Diopatra sp., Nephtys sp.) เป็นต้น
• กลุ่มครัสเตเชียน ได้แก่ แอมฟิพอด เช่น แกมมาริดแอมฟิพอด (Grandidierella gilesi, Eriopisella sp., Victoriopisa chilkensis, Melita latiflagella) เป็นต้น ทาไนดาเชียน (Tanaidacea) เช่น Apseudes sapensis, Pagurapseudopsis thailandica กุ้ง พบกุ้งทะเลและกุ้งน้ำจืดรวมกันกว่า 30 ชนิด เช่น กุ้งแชบ๊วย (Fenneropenaeus merguiensis) กุ้งก้ามกราม (Macrobrachium rosenbergii) กุ้งตาแฉะ (Metapenaeopsis barbata) กุ้งเคย (Acetes sp.) เป็นต้น กั้ง พบ 7 ชนิด เช่น กั้งตั๊กแตนสันแดง (Oratosquilla woodmasoni) เป็นต้น ปู พบ 25 ชนิด เช่น ปูทะเลและปูม้า (Portunidae) ปูแสม (Grapsidae) ปูนา (Parathelphusidae) ปูใบ้ (Eriphiidae) ปูก้ามดาบ และปูลม (Ocypodidae) เป็นต้น จักจั่นทะเล พบ 2 ชนิด เช่น Emerita sp. และ Hippa truncatifrons  แมลง เช่น แมลงปอเข็มเล็กนานา (Agriocnemis nana) แมลงปอบ้านใต้ผู้ม่วง (Trithemis aurora) เป็นต้น
• กลุ่มมอลลัสกา ได้แก่ หอยฝาเดียว พบ 91 ชนิด (ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนล่าง, 2552) เช่น หอยลายม่วง (Nerita violacea) หอยหอมมาลายัน (Cyclophorus malayanus) หอยขม (Filopaludina sumatrensis) หอยสองฝา พบ 88 ชนิด เช่น หอยแครง (Anadara granosa) หอยกะพงสยาม (Limnoperna siamensis) หอยตะโกรมกรามขาว (Crassostrea belcheri) หอยกาบ (Physunio inornatus) หมึก พบ ๙ ชนิด เช่น หมึกกระดองหางแหลม (Sepia aculeate) หมึกหูช้าง (Euprymna sp.) เป็นต้น

สัตว์มีกระดูกสันหลัง

• กลุ่มปลา พบปลา 465 ชนิด โดยองค์ประกอบของกลุ่มปลาในทะเลสาบสงขลาที่ได้พบได้ทั่วไป คือ กลุ่มปลาแป้น (Leiognathidae) ปลาไส้ตัน (Engraulididae) และปลาบู่ (Gobiidae) โดยพบทั้งกลุ่มปลาน้ำกร่อย/น้ำเค็ม เช่น ปลากะพงขาว (Lates calcarifer) ปลาท่องเที่ยวเกล็ดใหญ่ (Parapocryptes serperaster) ปลากดขี้ลิง (Hexanematichthys sagor) ปลาหัวอ่อน (Osteogeneiosus militaris) ปลากดหัวโม่ง (Arius maculatus) และกลุ่มปลาน้ำจืด เช่น ปลาไหลนา (Monopterus albus) ปลาหมอช้างเหยียบ (Pristolepis fasciata) ปลาช่อน (Channa striata) ปลาสลาด (Notopterus notopterus) เป็นต้น
• กลุ่มสัตว์ปีกพบนก 211 ชนิด เป็นนกประจำถิ่น 120 ชนิด และนกอพยพ 91 ชนิด เช่น นกกระสานวล (Ardea cinerea) นกยางเขียว (Butorides striatus) เป็ดคับแค (Nettapus coromandelianus) เหยี่ยวดำ (Milvus migrans) เป็ดแดง (Dendrocygna javanica) เป็ดหงส์ (Sarkidiornis melanotos) เป็นต้น
• กลุ่มสัตว์เลื้อยคลาน พบ 27 ชนิด เช่น งูคออ่อนปากจะงอย (Enhydrina schistosa) งูแสมรังท้องเหลือง (Hydrophis brookii) งูปลิง (Enhydris plumbea) เต่ากระอาน (Batagur affinis edwardmolli) เต่านาสามสัน (Malayemys subtrijuga) เป็นต้น
• กลุ่มสัตว์สะเทินน้ำสะเทินบก พบ 11 ชนิด เช่น กบน้ำเค็ม (Fejervarya cancrivora) เขียดจะนา (Occidozyga lima) เป็นต้น
• กลุ่มสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม เช่น โลมาอิรวดี (Orcaella brevirostris) เสือปลา (Prionailurus viverrinus) นากใหญ่ขนเรียบ (Lutrogale perspicillata) เป็นต้น

ชนิดพันธุ์ที่มีความสำคัญต่อระบบนิเวศ

ชนิดพันธุ์ที่เป็นเป้าหมายหลักในการอนุรักษ์ (Flagship species) ได้แก่

• โลมาอิรวดี ซึ่งเป็นโลมาเพียงไม่กี่ชนิดที่มีความสามารถปรับตัวอาศัยอยู่ในน้ำจืดได้ แต่จากความเสื่อมโทรมของทะเลสาบสงขลา ปัญหาน้ำเสีย รวมทั้งการใช้เครื่องมือประมง ผิดประเภท ทำให้พบการเกยตื้นค่อนข้างมากในแต่ละปี ซึ่งโลมาอิรวดีเป็นหนึ่งในสัตว์ทะเลหายากและใกล้สูญพันธุ์จึงต้องมีการอนุรักษ์และดูแลอย่างเร่งด่วน
• กระเบนบัว (Urogymnus aff. Lobistoma) เป็นกระเบนน้ำจืดชนิดหนึ่ง พบในทะเลสาบสงขลาตอนใน (ทะเลหลวง) ที่เป็นบริเวณน้ำจืดสนิทความลึก 3-10 เมตร พื้นเป็นโคลน ปนทราย รายงานการจับได้ลดลงมากกว่าร้อยละ 80 ในรอบ 52 ปี จากการถูกจับด้วยเครื่องมือเบ็ดราวและอวนลอย เป็นปลาที่นิยมบริโภคมากในท้องถิ่น อีกทั้งคุณภาพน้ำในถิ่นอาศัยมีแนวโน้มที่เสื่อมโทรมลงจากพื้นที่เกษตรและชุมชนรอบข้าง ทำให้ต้องมีการวางมาตรการในการอนุรักษ์อย่างเร่งด่วน
• เป็ดหงส์ เป็นสัตว์ประจำถิ่นของประเทศไทย อยู่ในวงศ์นกเป็ดนํ้า เป็นสัตว์ป่าคุ้มครองจําพวกนกลําดับที่ 123 และอยู่ในบัญชี 2 ของอนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศซึ่งชนิดสัตว์ป่าและพืชป่าที่ใกล้สูญพันธุ์ (CITES) ถือเป็นเป็นนกหายาก เนื่องจากไม่มีรายงานพบการทำรังวางไข่ในประเทศไทยมากว่า 30 ปี เพราะถูกล่าอย่างหนัก ดังนั้นจึงต้องวางมาตรการในการอนุรักษ์อย่างเร่งด่วน
• เสือปลา เป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมจำพวกเสือขนาดเล็ก อาศัยอยู่ในพื้นที่ชุ่มน้ำ ซึ่งปัจจุบันพื้นที่ส่วนใหญ่มีการใช้ประโยชน์อย่างสูงจากกิจกรรมของมนุษย์ โดยเฉพาะด้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเพื่อการส่งออกและการขยายตัวของชุมชน ทำให้เสือปลาขาดแคลนถิ่นที่อยู่อาศัยและลดจำนวนลงจนใกล้สูญพันธุ์ อีกทั้งเสือปลาเป็นสัตว์คุ้มครองตามพระราชบัญญัติสงวนและคุ้มครองสัตว์ป่า พุทธศักราช 2535 จึงต้องมีการอนุรักษ์อย่างเร่งด่วน

ชนิดพันธุ์ที่เป็นตัวชี้วัดความสมบูรณ์ของระบบนิเวศ ได้แก่

• แกมมาริดแอมฟิพอด ซึ่งเป็นสัตว์หน้าดินกลุ่มหลักที่พบได้ทั่วไปในทะเลสาบและถูกใช้เป็นชีวดัชนีในการตรวจวัดมลพิษ เพราะเป็นกลุ่มที่มีจำนวนชนิดและมีการกระจายกว้างที่สุด อาศัยบริเวณพื้นท้องทะเล มีทั้งกลุ่มที่อยู่บนผิวดิน ขุดรูอยู่ใต้ดิน สร้างท่อ หรืออยู่กับสัตว์ชนิดอื่น เมื่อมีการรบกวนเกิดขึ้นในระบบ แกมมาริดแอมฟิพอดจะมีความอ่อนแอต่อการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ได้ง่าย ไม่สามารถอพยพหนีไปอยู่ที่อื่นได้ไกลเพราะมีความจำเพาะต่อแหล่งอาศัย และเนื่องจากเป็นผู้บริโภคปฐมภูมิในห่วงโซ่อาหารที่มีขนาดเล็ก จึงได้รับผลกระทบจากการปนเปื้อนของมลพิษในตะกอนดินเร็วกว่ากลุ่มสิ่งมีชีวิตอื่นที่มีขนาดใหญ่กว่า และไส้เดือนทะเล Capitella capitate ซึ่งสามารถทนต่อสภาพระบบนิเวศที่มีอินทรียสารสะสมในปริมาณมากและมีออกซิเจนต่ำ จึงมีการใช้เป็นดัชนีบ่งชี้สภาพของระบนิเวศ ซึ่งสามารถใช้ตรวจสอบและติดตามสภาพความเป็นพิษของระบบนิเวศได้
• กระเบนบัว เป็นปลาผู้ล่าที่มักอาศัยอยู่บริเวณพื้นท้องน้ำที่มีน้ำใสสะอาด จึงเป็นตัวชี้วัดคุณภาพน้ำได้เป็นอย่างดี
• โลมาอิรวดี มักอาศัยอยู่รวมกันเป็นฝูง โดยโลมาอิรวดีกินอาหารประเภทกุ้ง หมึก หอย และปลาตัวเล็ก ๆ ใต้โคนตมและบนผิวน้ำ บริเวณที่อยู่อาศัยต้องมีแหล่งอาหารที่สมบูรณ์ โลมาอิรวดีจึงเป็นตัวชี้วัดถึงความอุดมสมบูรณ์ของระบบนิเวศได้

ชนิดพันธุ์หายากหรือถูกคุกคาม (IUCN Red List) ได้แก่

• ชนิดพันธุ์ใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง (Critically endangered) ชนิดพันธุ์สัตว์ ได้แก่ เต่ากระอาน (Batagur affinis edwardmolli) กระเบนบัว(Urogymnus aff. Lobistoma) เป็นต้น
• ชนิดพันธุ์ใกล้สูญพันธุ์ (Endangered) ชนิดพันธุ์สัตว์ ได้แก่ โลมาอิรวดี (Orcaella brevirostris) (สถานภาพในประเทศไทย: CR) นกฟินฟุต (Heliopais personatus) (สถานภาพในประเทศไทย: CR) กระเบนธงจมูกแหลม (Pastinachus solocirostris) เป็นต้น
• ชนิดพันธุ์ที่มีแนวโน้มใกล้สูญพันธุ์ (Vulnerable) ชนิดพันธุ์สัตว์ ได้แก่ นกตะกรุม (Leptoptilos javanicus) (สถานภาพในประเทศไทย: CR) นากใหญ่ขนเรียบ (Lutrogale perspicillata) เสือปลา (Prionailurus viverrinus) (สถานภาพในประเทศไทย: EN) เต่านาสามสัน (Malayemys subtrijuga) (สถานภาพในประเทศไทย: NT) เป็นต้น
• ชนิดพันธุ์ใกล้ถูกคุกคาม (Near Threatened) ชนิดพันธุ์สัตว์ ได้แก่ นกช้อนหอยขาว (Threskiornis melanocephalus) (สถานภาพในประเทศไทย: VU) เป็นต้น

นอกจากนี้ จากการสำรวจพบว่ามีปลาบางชนิดที่เชื่อกันว่าสูญพันธุ์ไปแล้ว ได้แก่ ปลาตุ่ม (Puntioplites bulu) ปลาดุกดัก (Clarias meladerma) และปลาดุกลำพัน (Clarias nieuhofii) ขณะเดียวกันมีปลาอีกหลายชนิดที่กำลังอยู่ในสภาพเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ไปจากทะเลสาบสงขลา ซึ่งในปัจจุบันมีการจับและสำรวจพบน้อยมาก เช่น ปลาพรหมหัวเหม็น (Osteochilus melanopleurus) ปลากระทิงไฟ (Mastacembelus erythrotaenia) ปลากระทิงลาย (Mastacembelus favus) และปลาจิ้มฟันจระเข้ชนิดต่าง ๆ

ชนิดพันธุ์ที่พบใหม่ ได้แก่ กุ้งเคย Heteromysoides songkhlaensis (Yolanda et al. 2019) พบบริเวณเขตน้ำตื้นของทะเลสาบสงขลา

ชนิดพันธุ์ต่างถิ่นรุกราน ได้แก่

หอยกะพงเทศ (Mytilopsis adamsi) เป็นชนิดพันธุ์ต่างถิ่นจากทวีปอเมริกา จากการศึกษาของมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ พบการระบาดของหอยกะพงเทศโดยหอยขยายพันธุ์และเพิ่มจำนวนประชากร ๒ ช่วงในรอบปี คือเดือนกรกฎาคมและมกราคม โดยมีความสัมพันธ์กับความเค็มของน้ำและความหนาแน่นของแพลงก์ตอนพืชที่เป็นอาหารของหอยกะพงเทศ หากน้ำมีความเค็มต่ำและมีแพลงก์ตอนพืชจำนวนมาก หอยกะพงเทศจะขยายพันธุ์จนมีความหนาแน่นของประชากรหอยมากขึ้น การลงเกาะของหอยกะพงเทศจะเกาะกลุ่ม
บนพื้นดิน เลน หรือวัสดุจมน้ำ ทำให้สิ่งมีชีวิตชนิดอื่น ๆ ไม่สามารถอาศัยอยู่ได้ นอกจากนี้ยังลงเกาะบนตาข่ายกระชังและเครื่องมือประมงของชาวบ้าน ทำให้เกิดปัญหากระแสน้ำ
ไม่หมุนเวียนและเครื่องมือประมงใช้งานไม่ได้

ปลาหมอเทศ (Oreochromis mossambicus) และปลาซิวไต้หวัน (Poecilia reticulate) โดยมีการปล่อยปลาเหล่านี้ลงสูแหลงน้ำธรรมชาติ ซึ่งปลาสามารถปรับตัวและเจริญเติบโต และแขงขันหรือแทนที่ชนิดพันธุพื้นเมืองที่อยูอาศัยในพื้นที่ไดดี ทําใหสามารถแพรพันธุเพิ่มจํานวนไดรวดเร็วและแพรกระจายอยางแพรหลายดัง ซึ่งในปจจุบันอาจยังไมเห็นผลกระทบตอความหลากหลายทางชีวภาพหรือแสดงผลกระทบในดานอื่นอยางชัดเจน
จึงต้องมีการเฝ้าระวังและติดตามสถานกาณ์อย่างใกล้ชิดต่อไป

ชนิดพันธุ์ที่มีความสำคัญในการนำมาใช้ประโยชน์ ได้แก่

การใช้ประโยชน์ทางการประมง เพื่อเป็นอาหารได้แก่ กุ้งแชบ๊วย กุ้งกุลาดำ กุ้งกุลาลาย กุ้งหัวมัน กุ้งตะกาดขาว กุ้งเคย กุ้งก้ามกราม ปูแสม ปูทะเล ปูม้า ปูลาย ปลากระบอก ปลาตะกรับ ปลาซิวแก้ว ปลาช่อน ปลากระสูบ ปลาแป้น นกนางแอ่นกินรัง หอยลุ เป็นต้น

ภัยคุกคามต่อระบบนิเวศ

ปัญหาหลักที่ก่อให้เกิดความเสื่อมโทรมของระบบนิเวศทะเลสาบสงขลา ได้แก่

• การตื้นเขินของทะเลสาบสงขลา ปัจจุบันทะเลสาบสงขลามีความตื้นเขินมากขึ้น เนื่องจาก
  มีการทับถมของตะกอนที่ถูกชะล้างของกระแสน้ำจากพื้นที่ลุ่มน้ำโดยรอบอันเกิดจากกิจกรรมของมนุษย์เป็นปัจจัยสำคัญ โดยมีแหล่งที่มาของตะกอน 3 แหล่งสำคัญ คือ 1) ตะกอนจากชายฝั่งทะเล จะพบบริเวณปากทะเลสาบสงขลาโดยได้รับอิทธิพลจากน้ำขึ้น-น้ำลง ลักษณะตะกอนบริเวณชายฝั่งทะเลอ่าวไทยเป็นตะกอนทรายขนาดปานกลางถึงละเอียดซึ่งเคลื่อนที่ขนานกับชายฝั่งทะเลตามอิทธิพลของกระแสน้ำเลียบชายฝั่งซึ่งผันแปรตามฤดูกาล การเคลื่อนที่ของตะกอนจะไปได้ไม่ไกลนักเนื่องจากกระแสน้าจะอ่อนลงเมื่อเข้าไปในทะเลสาบและจะตกลงสู่ท้องน้าในทะเลสาบตอนล่างไม่เกินบริเวณเกาะยอ 2) ตะกอนที่ไหลมากับน้าท่า เป็นตะกอนที่เกิดจากการชะล้างหน้าดินในช่วงฤดูฝน (เดือนตุลาคม-เดือนมกราคม) ซึ่งเป็นสาเหตุหลักของการตื้นเขินของทะเลสาบ อัตราการชะล้างหน้าดินจะพบมากในบริเวณพื้นที่ป่าที่ถูกเปิดโล่งเพื่อทำการเกษตรกรรมหรือเพื่อกิจกรรมอื่น เช่น บ่อดิน
  เป็นต้น 3) ตะกอนจากการทับถมของซากพืชซากสัตว์ พบในบริเวณทะเลน้อยและทะเลสาบตอนกลางซึ่งเป็นแหล่งน้ำที่มีความอุดมสมบูรณ์และแหล่งน้ำตื้นที่แสงแดดส่องถึงท้องน้ำ เมื่อน้ำมีอุณหภูมิและความเค็มพอเหมาะจะทำให้มีพืชน้ำหรือสาหร่ายขึ้นปกคลุม และเมื่อน้ำเปลี่ยนแปลงความเค็มอย่างกะทันหันพืชเหล่านั้นก็จะตายและทับถมเป็นสารอินทรีย์เน่าเปื่อยอยู่ในตะกอนท้องน้ำ โดยทะเลน้อยจะมีพืชจำพวกต้นกก และผักตบชวาขึ้นอยู่อย่างหนาแน่นในเขตน้ำตื้น ทำให้ตะกอนท้องน้ำมีปริมาณซากพืชอยู่มากและหมุนเวียนเอาสารอาหารออกมาให้พืชน้ำใช้ในการเจริญเติบโตเช่นนี้อยู่เรื่อยไป ส่วนบริเวณทะเลสาบตอนกลางจะมีสาหร่ายน้ำกร่อยหรือตะไคร่น้ำขึ้นหนาแน่น เมื่อเข้าสู่ช่วงฤดูฝนน้ำในทะเลสาบตอนกลางจะเป็นน้ำจืด สาหร่ายจะตายหมดและทับถมอยู่ในตะกอนท้องน้ำ โดยมีบางส่วนถูกชะล้างลงสู่ทะเลสาบตอนล่างด้วย แต่ปริมาณการสะสมของตะกอนประเภทนี้มีไม่มากนัก
• การใช้เครื่องมือประมงผิดกฎหมาย มีการใช้เครื่องมือประมงที่ทำลายล้างและผิดกฎหมาย ในลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลาเป็นจำนวนมาก เช่น การใช้อวนรุน การใช้สารพิษเพื่อเบื่อปลา การใช้ไฟฟ้าช๊อตปลา ลอบพับ อีกทั้งมีการติดตั้งเครื่องมือประมงประจำที่ประเภทโพงพาง ไซนั่ง อย่างหนาแน่น ส่งผลให้ปริมาณและชนิดของสัตว์น้ำในลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลาลดลงอย่างมาก กีดขวางทางน้ำ และทำให้ทะเลสาบตื้นเขินเร็วขึ้น นอกจากนี้ยังมีการติดตั้งเครื่องมือประมงในบริเวณที่ไม่อนุญาต เช่น เขตร่องน้ำการเดินเรือ ทำให้การจราจรทางน้ำ ในการเดินเรือเข้าออกประสบปัญหา
• มลพิษทางน้ำ จากสภาพทางกายภาพของทะเลสาบสงขลาเป็นระบบทะเลสาบตื้นมีทางเปิดออกทะเลเพียงทางเดียว การไหลเวียนของน้ำในทะเลสาบสงขลาเกิดจากอิทธิพลน้ำขึ้นน้ำลงและน้ำท่าเป็นหลัก โดยน้ำขึ้นน้ำลงจะทำให้กระแสน้ำไหลแรงโดยเฉพาะช่วงทะเลสาบตอนล่างบริเวณปากรอ ส่วนกระแสน้ำในทะเลน้อยและทะเลสาบตอนบนค่อนข้างนิ่งเนื่องจากเป็นกระแสน้ำที่เกิดจากน้ำท่าที่ไหลออกจากลำคลอง เมื่อคุณภาพน้ำในทะเลสาบสงขลาเสื่อมโทรมลง การฟื้นตัวโดยธรรมชาติจึงเป็นไปได้ช้า ซึ่งผลจากการตรวจวัดคุณภาพน้ำในทะเลสาบสงขลาของกรมควบคุมมลพิษ พบว่า คุณภาพน้ำโดยทั่วไปจัดอยู่ในมาตรฐานคุณภาพน้ำในแหล่งน้ำผิวดินประเภทที่ ๔ ซึ่งอยู่ในเกณฑ์พอใช้ตลอดปีและบริเวณตอนกลางทะเลสาบสงขลาจัดอยู่ในเกณฑ์ดีถึงพอใช้ แต่บริเวณปากแม่น้ำจัดอยู่ในเกณฑ์เสื่อมโทรมตลอดทั้งปี ทั้งนี้ เนื่องจากบริเวณโดยรอบเป็นพื้นที่เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่ส่วนใหญ่มีการระบายโคลนเลนและสารเคมีลงสู่แหล่งน้ำโดยตรง แหล่งกำเนิดที่สำคัญของมลพิษที่ระบายลงสู่ทะเลสาบสงขลา ได้แก่ น้ำเสียจากชุมชน โรงงานอุตสาหกรรม ฟาร์มเลี้ยงสุกร นากุ้ง และพื้นที่เกษตรกรรมโดยรอบ ซึ่งไม่สามารถระบุแหล่งได้ชัดเจน สารอินทรีย์เหล่านี้ไม่สามารถถูกชะพาออกสู่อ่าวไทยได้หมดในรอบน้ำขึ้นน้ำลง ซึ่งส่วนใหญ่จะตกตะกอนบนพื้นท้องน้ำและถูกย่อยสลายเปลี่ยนรูปจากสารอินทรีย์เป็นสารอนินทรีย์โดยแบคทีเรีย ทำให้เกิดปัญหายูโทรฟิเคชั่น (Eutrophication) โดยพืชน้ำจะเจริญเติบโตแพร่ขยายพันธุ์อย่างรวดเร็ว ส่งผลให้ปริมาณออกซิเจนละลายน้ำลดลงอย่างรวดเร็ว และส่งผลกระทบต่อการดำรงชีพของสัตว์นำต่อไป
• การรุกตัวของน้ำเค็ม ปริมาณน้ำท่าและน้ำใต้ดินที่ระบายลงสู่ทะเลสาบสงขลาขึ้นอยู่กับปริมาณฝนที่ตกในพื้นที่ลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลาที่เปลี่ยนแปลงตามฤดูกาล สภาพการใช้ที่ดิน และสภาพพื้นที่ป่าต้นน้ำ หากพื้นที่ป่ายังมีความสมบูรณ์ น้ำฝนส่วนหนึ่งจะซึมลงสู่ดินและค่อย ๆ ระบายลงสู่ทะเลสาบสงขลา ในทางกลับกันถ้าพื้นที่ป่าต้นน้ำถูกบุกรุกทำลาย น้ำฝนส่วนใหญ่จะไหลบ่าเป็นน้ำท่าลงสู่ทะเลสาบอย่างรวดเร็ว นอกจากนี้ การเปลี่ยนแปลงของระดับน้ำที่ปากทะเลสาบมีผลต่อการไหลเวียนของกระแสน้ำในทะเลสาบสงขลาและต่อการแพร่กระจายของเกลือในน้ำ ในขณะที่ระดับน้ำทะเลเอ่อสูงขึ้นน้ำทะเลจากอ่าวไทยจะไหลเข้ามาในทะเลสาบสงขลาทำให้น้ำในทะเลสาบสงขลาตอนล่างมีค่าความเค็มสูง และในขณะที่ระดับน้ำทะเลในอ่าวไทยลดลง น้ำจากทะเลสาบตอนล่างจะไหลออก และน้ำจากทะเลสาบตอนบนและตอนกลางจะไหลมาแทนที่การสูบน้ำจืดจากทะเลสาบสงขลาโดยสถานีสูบน้ำระโนดในโครงการส่งน้ำและบำรุงรักษาระโนด-กระแสสินธุ์ สำนักชลประทานที่ 16 ซึ่งตั้งอยู่ในทะเลสาบตอนบน อำเภอระโนด จังหวัดสงขลา เพื่อจ่ายน้ำให้พื้นที่ชลประทานประมาณ 115,000 ไร่ เพื่อใช้ในการเกษตรกรรมในแต่ละปีมีปริมาณมาก ส่งผลกระทบต่อการไหลเวียนของน้ำในทะเลสาบ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงฤดูแล้ง โดยจะทำให้น้ำจากทะเลสาบตอนกลางและทะเลสาบตอนล่างที่มีค่าความเค็มสูงไหลเข้ามาในทะเลสาบตอนบน อีกทั้งระดับความลึกของทะเลสาบสงขลาที่ลดลงทุกปีจะมีผลทำให้การแพร่กระจายความเค็มไปได้ในระยะทางที่ไกลกว่าเดิม

การดำเนินงานที่ผ่านมา

ภาครัฐมีความพยายามในการแก้ไขปัญหาพื้นที่ลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา โดยให้ความสำคัญในการฟื้นฟูและพัฒนาพื้นที่อย่างต่อเนื่อง โดยเครื่องมือหลักที่ใช้ในการแก้ไขปัญหา คือ การจัดให้มีกลไกการบริหารจัดการในรูปแบบของคณะกรรมการเป็นการเฉพาะและใช้แผนแม่บทหรือแผนยุทธศาสตร์เป็นเครื่องมือในการบริหารจัดการ โดยในช่วงแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติฉบับที่ 4 (พ.ศ. 2520-2524) รัฐบาลได้ให้ความสำคัญกับปัญหาของทะเลสาบสงขลา โดยมีมติให้แต่งตั้งคณะกรรมการบริหารและพัฒนาสิ่งแวดล้อมทะเลสาบสงขลาขึ้นเพื่อดูแลการแก้ไขปัญหาและพัฒนาทะเลสาบสงขลา ต่อมามีการจัดทำแผนแม่บทลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลาเป็นแผนปฎิบัติการในระยะ 10 ปี ตั้งแต่ พ.ศ. 2556-2559 มีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นกรอบในการจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมพื้นที่ลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลาให้คืนสภาพความอุดมสมบูรณ์ เกิดความสมดุลระหว่างการพัฒนาและการอนุรักษ์ทรัพยากรในพื้นที่ และใช้เป็นฐานในการพัฒนาคุณภาพชีวิตของประชาชนอย่างยั่งยืน ซึ่งจากการติดตามการประเมินผลอย่างต่อเนื่อง พบว่าการดำเนินงานหลายประเด็นไม่บรรลุเป้าหมายตามตัวชี้วัดที่กำหนด ซึ่งประเด็นปัญหาที่สำคัญ คือ ปัญหาการบริหารจัดการลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา โดยเฉพาะเรื่องกระบวนการมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วน ได้แก่ หน่วยงานภาครัฐ ทั้งส่วนหน่วยงานกลางและส่วนภูมิภาค หน่วยงานส่วนท้องถิ่น สถาบันการศึกษา และภาคีเครือข่ายภาคประชาชน โดยปัญหาดังกล่าวมีความสำคัญสูง และเป็นปัจจัยหลักที่มีผลต่อความสำเร็จของการขับเคลื่อนการดำเนินงานทั้งหมด